根据～年第3次中药资源普查的数据统计，上海有药材资源种，
其中药用植物类科、种，占81%（真菌类9种、苔藓类3种、蕨类24种、裸子植物11种、被子植物种）；
动物类科、种（脊椎动物90种、节肢动物79种、软体动物24种、环节动物7种、肠腔动物和海绵动物各1种）。
全市中药区划分为4个一级区，10个二级区。
上海市药材区划
一级药材区
地理位置地形气候
二级药材亚区
适宜品种
I.江中沙岛大宗药材发展区
位于上海市北部和东北部，土质良好，适宜地下根茎类药材生长，为大宗药材发展基地。
1.崇明岛西部大宗邮件药材亚区
药材生产多集中在西部，家种大宗药材种植面积大，生产集中成片，如延胡索、丹参等单产高、质量优家种大宗品种产量占全市药材产量的80%。适宜发展延胡索、丹参、板蓝根、白芍、地黄、紫菀、附子等大宗品种。
2.崇明岛东部延胡索、蟾酥药材亚区
地势较高、土质较好、十分有利于延胡索、浙贝母等药材生产。种植历史悠久，产量高，加工质量好，是延胡索、蟾酥主产区。此外，墨旱莲、蒲公英、萹蓄草、佩兰、苍耳等大宗地产药材有一定产量。
3.长兴岛、横沙岛西红花药材亚区
生产水平高，得天独厚的自然条件适宜西红花的生长发育，已建立西红花生产基地。
II.金奉南野生药材区
本区地势较高，水土条件优越，野生药材资源丰富，其收购量占全市野生药材收购量的80%。
4.奉贤县野生药材亚区
地处上海市南郊，分布的野生小品种多，为上海市地产野生药材的主要产区。主要有地龙、墨旱莲、小蓟、蒲公英、车前子、金钱草、地丁草等，总蕴藏量为万公斤。
5.南汇县野生药材亚区
位于上海市东南沿海，自然条件优越，野生中药资源为主，约有种，主要有地龙、蟾酥、珍珠、芦根、延胡索、金钱草、墨旱莲、蒲公英、鸡内金、小蓟、龙葵、旋复花等多种，总蕴藏量万公斤。
6.金山县野生药材亚区
位于上海市西南部，中药资源种，以野生为主，主要是一年生与湿生草本植物，主要有地龙、金钱草、蛇莓、萹蓄、虎杖、茅莓、龙葵、半边莲、车前子、蒲公英、墨旱莲；家种药材主要有灵芝、瓜蒌、益母草、桑枝、桑叶、丝瓜络等。
III.近郊及市区药材开发区
7.上海县黄浦江沿岸家种药材亚区
本亚区自然条件较好，主要生产浙贝母、西红花和一见喜等栽培技术复杂的品种以及生长期短、历来习惯品种，主要有薄荷、紫苏、藿香及各种药用菊花。
8.上海绿化地带及市区药材
上海主要绿化基地，广泛种有女贞子、杜仲、黄柏、厚朴等药用林木，饲养穿山甲、龟、鳖、刺猬等珍贵药用动物。
IV.西部低洼水生、温生药材区
西部低洼地面积广而集中，属于湖泊、河网地带，有利于发展水生、湿生药材，为上海珍珠主要产区。
9.松青低洼水生、湿生药材
分布的中药资源多种，家种药材有泽泻、薏苡、珍珠、灵芝等；野生药材有地龙、蒲公英、墨旱莲、车前草、野菊花等。
10.青西湖荡龟、鳖、珍珠药材
本区河港湖荡密布，水面大，适宜养龟鳖、蚌珠等，区内东部低洼地面积大，适宜种泽泻、芡实、蒲黄、莲等水生药材。
